歷史敘述

1950年 傅興仁神父奉派在澎湖開始傳教牧靈工作。

1951年 5月首批五位聖母聖心會修女抵達澎湖。創辦瑪利診所及管理福華托兒所，由劉蔭民修女為首任院長，王雅哲修女擔任主治醫師。

1952年 6月由靈醫會接管教務，潘志仁神父接替傅神父為本堂神父。

1953年 8月靈醫會羅德信神父接任本堂神父。當時已有教友82人，為推行教務成立3人小組，協助處理堂區有關事宜。此即為本堂最先成立之教友組織，不久後改組為教友代表會。籌建可容納百人之聖堂，名為『海星聖母堂』。

1961年 3月台南教區成立，澎湖劃歸台南教區，靈醫會在澎湖的一切傳教事業，脫離高雄監牧區管轄。

1964年 8月馬公天主堂（新堂）竣工落成，由教廷駐華公使高理耀樞機主教親臨祝聖為『聖母病人之痊』堂。

1970年 4月由教廷宣布成立澎湖宗座署理區而脫離台南教區，首任宗座署理主教由原威海衛監牧甘霖主教擔任。隨同到澎湖就任馬公天主堂主任司鐸為同炯神父。

1976年 9月白正龍就任宗座署理區主教。

1981年 7月國際殘障年，靈醫會呂若瑟神父，為能照顧更多殘障朋友，擴大服務範圍，在白正龍蒙席支持下，成立惠民啟智中心。6月由諮議委員會改組成立傳協會。

1991年 2月26日教廷宣布裁撤署理區，澎湖重回台南教區。5月13日楊照陽神父接任馬公堂區主任。

1993年 2月2日費格德神父來澎。5月22日藺培鐸神父來澎。

1995年 10月15日羅建屏神父接任馬公堂區主任司鐸。費格德神父接任白沙堂區主任司鐸，並兼任惠民啟智中心主任。8月21日藺培鐸神父離澎。

1996年 4月29日費格德神父離澎，赴羅馬深造。羅建屏神父接任惠民啟智中心主任。7月16日賴効忠神父來澎。

1998年 10月23日賴効忠神父離澎。11月1日宮高德神父來澎。

1999年 10月20日宮高德神父離澎。

2000年 9月1日賴効忠神父再度來澎。

2002年 1月7日王文神父接任馬公堂區主任，羅建屏神父改任白沙堂區主任，賴効忠神父調任台南安平堂區主任。

2003年 1月8日蕭文元蒙席接任馬公堂區主任，王文神父離澎。9月鍾安住神父接任馬公堂區主任。賜和平、賈滿瑞兩位神父輪流從台南到澎湖做牧靈福傳工作。9月25日蕭文元蒙席及羅建屏神父離澎，羅神父轉任台南東門堂區主任。

2004年 9月1日耀漢小兄弟會吳思道神父接任馬公堂區主任。阮光足（大阮）神父、阮進幸（小阮）神父、范玉言神父、阮文成神父、梅重明神父一起來澎協助教務。

2006年 5月15日耀漢小兄弟會梅重明神父接任馬公堂區主任。阮文成神父、阮泰山修士、胡孝廉神父、丁瓊牒神父一起來澎協助教務。

2010年 10月10日迄今，耀漢小兄弟會裴士俊神父接任馬公堂區主任。丁瓊牒神父一起協助教務。