歷史敘述

1954年 2月初，方濟會德籍神父苗克聖率兩位傳教員—鐘乾元先生及鄭瑜潔小姐，來到麻豆鎮開闢傳福音的新天地。起初，租得一處仳鄰豬舍的民房，分作小聖堂、講道所及寢室。廚房及浴室則設在豬棚內。但因環境不便，雖經多方面努力，仍無法展開傳教工作。8月間苗鐸遂購得一較理想之處，即今之聖堂所在地五分之一的面積。先建造一座小聖堂及合用的房舍。計劃開辦一年制的傳教員訓練班，以儲備傳教人才；辦一間免費幼稚園以服務社會。6月1日，訓練班以克難方式正式開課。報名上課學員十二人。由席傅德神父、苗克聖神父、鐘乾元先生和黃慶祥先生擔任教師。

1955年 6月初，全部畢業，遂分派至各堂區及各傳教所擔任傳教工作。8月初，幼稚園也正式開學，甚得地方人士好感。8月15日及11月28日先後付洗了兩位成年人入教。至1955年底奉教受洗者已有137人。當時麻豆堂區傳教範圍包括：官田鄉、大內鄉、下營鄉、學甲鎮及北門鄉。

1958年 現有聖堂、幼稚園、診療所不敷使用。苗鐸從德國募得捐款，購得聖堂西側三百餘坪土地，興建一棟二層樓房，三間幼稚園教室，同時將聖堂延長一倍。

1959年 8月9日，診療所開幕，聖堂增建完工，盛大擧行謝恩彌撒。從這天起，苗神父在堂內供奉亡者牌位，並在祭台前安置香（線香）爐，此事尚屬創擧，招惹了不少外籍教士非議。

1962年 初因為苗鐸協助聖功會—方濟第三會修女在麻豆鎮文昌路的樂仁醫院落成，附設在本堂內之診所遂停辦。同年，聖堂第二次擴建，向前延伸了約八公尺兩層樓房，作歌詠樓；並增建一座四層鐘樓，取中國宮殿式，覆以琉璃瓦，以符合中國文化。6月13日，張俊哲神父由香港調來麻豆，協助教務。

1963年 由苗神父發起，在麻豆堂區先後興建黎明中學及方濟小修院。同年，學甲及北門兩地傳教工作交予楊森神父接管，自此，麻豆堂區只限於麻豆鎮所轄區域。

1964年 1月3日張俊哲神父由麻豆調駐下營堂區接本堂主任職。創辦幼稚園，組織管絃音樂會，當時望教者有數十人。兩年後，張神父調回麻豆本堂並兼管下營。

1965年 5月楊森神父接任麻豆本堂職。

1967年 以後，社會經濟繁榮，教務逐年低落。

1979年 為麻豆傳教建堂二十五週年，中華方濟會麻豆區會院神父協議，為增強孝愛聖母之熱忱，及仰賴助佑振興教務，遂講大型中華聖母抱耶穌木雕態像一尊，在聖堂右側興建宮殿型聖母宮一座。於5月23日本堂銀慶之日，由教區主教成世光祝聖啟用。

1983年 初，張俊哲神父他調，麻豆堂區教務由董玉文神父接管。

1987年 董玉文神父他調，張俊哲神父任黎明中學董事長並兼任本堂職。

1989年 8月譚仲凱神父由內湖方濟中學轉至黎明中學任校長並接任本堂職。

1995年 舊堂因年久失修，屋頂及牆壁開始漏水與滲水，因此，重新興建聖堂與幼稚園，整座聖母宮往後遷移了百餘公尺（即現址）。

1996年 1月13日新堂落成，由台南教區鄭再發主教主禮，當時的方濟會總會長Hermannus Schaluck神父正在台灣，也來參加盛會。

2001年 2月27日方濟會總會長Mr. Giacomo Bini到麻豆堂視察，並與幼稚園生合影。

2002年 9月劉壽安神父到澳洲進修，由黃敏正神父接任，此時黃神父身兼新營、柳營、麻豆三堂本堂職及新營會院院長職。

2003年 11月劉壽安神父自澳返台接任本堂職至2005年10月16日。

2004年 11月21日歡度開教50週年金慶，由林吉男主教、方濟會高征財會長主禮，鄰近堂區約230位教友同來慶賀。

2006年 1月9日黃敏正神父正式銜命兼任本堂主任司鐸職，同年4月底黃神父至美進修三個月，至07月下旬返台，期間由甘惠忠神父代理主持彌撒。5月6日電梯工程開工，9月26日電梯工程完工。10月22日林

吉男主教至本堂視察堂務，並為電梯啟用祝聖。11月26日歡渡52週年堂慶。

2007年 2月4日堂區「主日學」開始，取名「聖愛」，有13位孩童及青少年參加，由鄧惠中修女講授，並於彌撒後由黃敏正神父授證及降福，在睽違二十多年後，主日學又重新展現活力。

2007年 3月4日鐘義宗神父接任本堂主任司鐸，分攤新營會院堂區工作。4月1日本堂負責第四總鐸區四旬期聯合堂區避靜。

2010年 3月21日黃敏正神父再次接任本堂職。

2011年 1月9日黃敏正神父邀請瑪利亞方濟各傳教女修會鄭碧蓉修女擔任堂務助理及第四總鐸區鐸務助理。2月13日停擺多年的堂區主日學再度開始。2月18日鄭修女開始為慕道友上道理課。整個堂務都有進展。