自1962到1966為耶穌會在台南的籌備階段。最初三年沒有固定的地方。1965年耶穌會會士在現址附近，租了二間房子，由陳興華神父主持。任期內因病返回墨西哥。1966年2月12日病逝。

初期，沒有固定住所，相當困難。陳神父奔走活動，又得墨西哥教友們的慷慨大方，始建立了本堂。

另一位神父袁國柱熱愛關懷青年，他發現遠道就讀台南的青年，沒有適當的住所，所以創建了百達高中學生中心。百達就是為念張伯達神父，他1951年在上海為主殉道。進住百達的學生必須是南一中、二中的好學生。並經面談，看他們是否有責任感及自治的精神而決定。

1967年6月，本院袁神父受任第一位院長。當時新建工程尚未完成，神父們仍住勝利路35號。院長袁神父仍兼任百達學生中心。

1968年冉神父守謙受任本堂神父之職。一直到1977年調到台北聖家堂，1982年12月17日在羅東聖母醫院逝世。

1971年建立美滿家庭的滿神父來到台南。把天主教教會所倡導的自然節育法介紹給教友以及自願接受者。後又創立露晞中心為未婚媽媽給予指導及照顧。並安排嬰兒的未來生活。

1973年7月華澄濤受任南部(台南、嘉義)地區的耶穌會士的院長。宣國榮接受百達學生中心的主任。書紳亦來協助宣神父。同期，華神父發起商業秘书補習班，及社會服務中心。但是直到1984年該中心仍未達到成立的願望。當時有教友表示，願負責改為外語的(補習)教授中心。

1976年張隆順神父調任台南，任教於成功大學，且亦任教於輔大。

1979年饒神父受任台南嘉義區的院長。同年謝為霖神父來負責百達學生中心。一年後，由鄭修士(新城)協助饒神父主持百達。

1983年8月饒神父受任台北修院院長，戴士傑神父任院長。1977年戴神父已在台南繼續滿神父的美滿家庭工作。1978年升本堂神父。1979年接任興華，1983年，張隆順神父接任百達一年。

1984年戴神父回國六個月，由魏神父代理。

1985戴神父回來，仍任院長。不久去布袋本堂，7個月後，轉北港本堂。1984年7月起，王世靖調台南任本堂神父，並兼美滿家庭的輔導，同時，高伯龍神父受任百達學生中心主任。

1986年王神父調往彰化靜山，謝神父調來台南任百達主任；高神父升本堂神父。

1986年後歴任院長

1985.07.31〜1992.07.31　戴士傑神父

1992.07.31〜1994.04　　王貴神父

1994.04〜1997.07.31　　栗金聲神父

1997.07.31〜2005.07.31　顏哲泰神父

2005.07.31〜2011.07.31　王輔天神父

2011.07.31〜至今　　　　王秉鈞父