天主教傳入台灣，始於道明會遠東區會長馬志烈神父(P.Martinez)，率領四位神父及一位修於1626年2月8日由菲律賓乘船，於同年5月4日抵達貢察即今台北三貂角，西班牙Santiago，即聖雅各伯之意立即展開傳播福音工作，經數年之努力及傳教士不斷之增加，教友數字漸增至五、六千人。

1642年8月，荷軍舉兵北上，西班牙被迫放棄領士，西籍傳教士亦被捕入獄，監禁於台南安平，後於1643年2月下旬，被逐離台，自此群羊失首，教會事業被迫中途而廢。

1661年明將鄭成功進軍台灣，攻荷軍於遮蘭城，即今台南安平古堡，經7月之圍攻始能恢復台灣，鄭收復台灣之後，尚欲再佔菲島，即召其在福建廈門傳教摯友李志神父來台，授命赴菲島勸西班牙人投降，但此事未果;待李志神父返台南時鄭成功已逝，神父即再回廈門傳教。

1665年李神父復來台傳教年餘。

1673年8月，三位道明會會士從菲再來台灣，以圖教會之再興，料時過境遷，自此教

務停頓·從開教至此相去五十餘年，先後來台的傳教士約四十餘位，其中二人為主殉道：一是Luis Flores神父在日本致命;一是中國首位致命，聖劉方濟神父。

1855年白林蒼神父(P.Velich'on)任遠東區會長時，在菲島馬尼拉召開道明會士大會，商議再派員來台傳教。延至1859年1月25日才有郭德剛(P.Sainz)和柳道來兩位神父由菲島起程，取道廈門來台，柳神父暫留廈門，缺職則由洪保祿神父(P.Bofurull)補替。同年5月10日彼等再由廈門起程，並率领享照、瑞斌等四位及李步壘先生家人，於5月18日下午平安抵達打狗(今高雄)同年7月中旬郭德剛神父到達台南府城，乃分裝平民苦力偕瑞斌先生入城，探視府內一帶民情，以便計劃傳教;然府內處處不安情緒，對開教甚感不利，即出城他往。路逢一本地少年，乃伴同至新港(乃今之新市附近)之薛耶蕃社遊觀。因時近黃昏，幸蒙該社酋長盛意招待，那時神父有意在該社區開教，只因離高雄有數十里之遙，交通不便，有願難償，留宿二日之後，回返高雄。

1865年新港之薛耶蕃社酋長前赴高雄求見郭德剛神父，要求派員至該社區傳揚福音，惜因人手缺乏，未能滿其宏願。

1866年郭德剛神父偕傳道員佰先生(聖名味增爵)再度台南府，因見街頭棄嬰很多，乃以二十五元租得民房一間，派傳道員擔任孤兒救濟事業，盡情收容棄嬰，施以洗禮交與保姆撫養，並另行設法傳道，經一年之努力，獲有孤兒六十餘名及數名望教者，其中即有林水龍先生(聖名雅各伯)，後領洗入教，獻身傳教，為台民之最初傳道員。

1867年郭神父以一百四十元購得住屋一，遷入時，居民在滿清仇教官吏煽動之下，千方百計與神父為難，父只好甘受委屈。

1868年因感舊租之房屋對傳教覺不便，乃於台南府郊外地區(即今之小東門附近)以六十二元購得土地，着手興建工程，鄰居聞悉之後，再度發生騷動，致工程無法進行而中止。郭神父為了安身，乃暫時建造一竹屋，充作教堂及住所。是年2月郭神父因公返菲。3月間因兒童之惡作劇失火，竹屋及其鄰舍化為灰燼。但事仍排除萬難，重新修復。4月間排外之風普及台。同年5月5日人民擁入堂内，搶掠一空，並房屋摧毀，傳道員佰先生遭群眾圍擊，被捕獄，受盡辱罵苛刑，其所主持的孤兒院也修遭解。响佰先生於1869年出獄後返回高雄，惜所傷過重，療養無效，翌年逝於高雄，致命榮冠1870年郭德剛神父赴菲島未返，由金照神(P.Chinchon)代理，因排外運動，教務無發展。

1871年9月11日，李嘉神父(P.Colomer)命來台南傳教，同時計劃修建聖堂，且前往新等地區考察，以便開教。

1872年仇教運動漸次消除，3月中旬建設座兩層樓房之教堂，宝二十尺，長四十尺，二十尺，成為傳教工作中心，該堂名聖多瑪斯院，希望這位聖師轉祈，使台南府內知識界人士能接受真理。後來因工作進展神速，新聖堂不夠應用而擴建。

1875年李嘉祿神父奉調大陸傳教，其缺由赫耐神父(P.Federico)接替，力圖重建孤兒院，惜因疲勞過度，逝於1875年。所幸尚有一位越南籍的道明會士韓若望神父(P.Hang)趕來台南接替。

1877年因傳教士缺乏之故，韓神父奉調高雄，台南堂區因無傳教士住留而成為兼管堂區;1883年韓神父重返台南任職。

1889年韓若望神父因見堂屋年久失修，且又座落於人烟稀少地區，於是取得台灣區代會長艾爾神父(P.Herce)之同意，以六百四十元在鬧區(即今台南市中山路附近)購中式房屋一座，內有房廳十餘間，足供教堂、神父傳道員及道理廳之用。另購附近地皮一大片，以興建新堂。從此教會在台南奠定固基礎。

1892年韓若望神父奉調回國，傳教人員缺乏，台南復為兼管區，只有主日有神父前來主持彌撒。1895年台灣割讓給日本，教務進行如常。

1899年有居住在高雄的洪羅助神父(P.Rodriguez)來台南服務，翌年則奉調斗南。

1900年，年青傳教士杜默爾神父(P.Tobar)受命為台南本堂神父，在其任期内除管理台南外，且不時赴新化、大灣等地區傳教。

1911年高恒德神父(P.Giner)任職台南，適奉修建火車站至市府之大馬路(即今中山路)，教堂土地從中被切為兩半，因此將路北土地變賣，保留路南之地段。從此教堂面臨大街，反收宣傳之效，豈非塞翁失馬之利。

1915年余智謀(P.Perez)由菲島來台傳教，立即被派來台南，到任後即着手創辦羅馬拼音及漢文學校，唯因余神父來台南實屬代理，故翌年即離職他往。

1917年高恒德神父返回台南任所。逾二年，余智謀神父再來台南接任高神父之職務，並兼管郊區及新化、大灣等區。

1923年5月，洪羅助神父來台南接替，創辦訓練傳道員學校一所，學員中，一名蒙主召選鐸，即台籍首任司鐸涂敏正蒙席。

1925年洪神父向各方募捐，得款八千餘元，建造新堂―一即今台南市中山路聖母無原罪始胎堂。洪神父熱心事主，譽為典型傳教士模範會士。除台南之外，尚於1926年得新化鎮天主堂現址。

1931年洪神父離開台南，由白神父(P.Villarubia)代理。

1933年負責台南教務乃若瑟神父(P.Villaverde)，年青有為，在任期適逢第二次世

界大戰，傳教工作遭受很大的困難，仍然努力不懈，盡力培養優良的傳道員，推廣基督神國。

1945年因公赴菲而離職。

1946年有台籍李天一神父代為管理，同時在嘉義傳教的羅道真神父(P.Gowealo)亦常來台南相助。

1947年一位富有經驗的老傳教士味增爵神父(P.Prada)由斗六到台南傳教。

1950年國民政府轉入台灣，在大陸工作之傳教士不少遷來台灣，而在台灣北部傳教的道明會士，則齊集南部工作，數年內新開了不少堂區，如善化、山上、玉井等，而台南市聖堂由香港來台的嘉西力神父(P.Castilla)主持，因其年富力壯，長於青年組織，到任不久即創立了聖母孝女會，及道理補習班等。

1951年羅道真神父由嘉義調來台南工作，集全力向知識界人士宣道，且成立了轟動一時的聖教歌詠團，在教會各種聚會中演唱，績斐然，深獲各界人士一致好評。

1952年馬西略神父(P.Delgado)由台中來台南傳教，另有一位由大陸來台的道明會士盧沛揚神父(P.Rodriguez)為助理·因盧神父精通國語及台語，故對大陸來台之教友特別照顧。翌年五月馬西略神父前往新化鎮，成立正式本堂區。

1953年盧神父升任台南本堂，文安邦神父(P.Villalba)為副本堂，神父在任期内籌資創辦了天主教醫院一即今中山路教堂右側的「崇愛醫院」，聘有美籍醫師，郭神父及數名道明會修女留院為病人服務。

1958年盧神父受命專理醫院業務，馬西略神父重返台南，擔任本堂，創有公青會、玫瑰經善會、煉靈會等活動組織，並籌資購置教會墓地一即今台南四分子天主教永光墓園左側之墓地。

1959年馬西略神父返國渡假，由盧神父兼管教堂及醫院職務，直到1961年由文安邦神父前來接任本堂。同年三月台灣教省增添兩教區，其一為台南教區，由羅光蒙席擔任首任主教，從此縣內道明會士所管理之堂口劃歸教區。

1963年馬西略神父三度就職為台南市中山路本堂神父，另有醫院院長羅道真神父，大陸教友指導司鐸薛仁堪神父，副本堂文安邦神父和一位菲籍呂若瑟神父相助。但不久薛神父、文神父及呂神父相繼調任，而另有華錫壽神父，及國籍陳希默修士前來專事負責大陸教友及青年學生和講道工作，成為本堂區最具活力的主要份子。

一直到今天，道明會傳士一本過去精神，在台南教區主教領導之下，與本教區之中外神父通力合作，愈顯主榮。